Eu acho que você deveria usar este ppa, que não atualiza o apache, mas apenas atualiza o php para o 5.4:
link
Eu tentei algumas vezes atualizar o php no meu servidor da versão 5.3 para o mais recente 5.5 com:
sudo add-apt-repository ppa:ondrej/php5
Parece funcionar bem, mas também atualiza o Apache, o que eu acho que foi modificado para o plesk e fez com que parasse de funcionar. Eu tentei remover o Apache com a remoção e reinstalá-lo, mas ele excluiu o Plesk e acabei reinstalando tudo.
Idealmente eu prefiro apenas rodar o nginx com php-fpm sem o apache, mas ele não é mais tão simples com o plesk e eu não tenho idéia de como atualizar o PHP?
Eu tenho uma instalação limpa do Parallels Plesk v12.0.18_build1200140606.15 rodando no Ubuntu 12.04.2 LTS.
Eu acho que você deveria usar este ppa, que não atualiza o apache, mas apenas atualiza o php para o 5.4:
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