Use variáveis separadas para conter os valores concatenados de cada coluna.
awk -F'\t' -v OFS='\t' '{
if ($1 in a) {
a[$1] = a[$1]";"$2;
b[$1] = b[$1]";"$3;
} else {
a[$1] = $2;
b[$1] = $3;
}
}
END { for (i in a) print i, a[i], b[i] }' < test.txt