A menos que eu defina "Segundos entre keepalives (0 para desligar)" para 2 putty mantém desconectando depois de alguns minutos de inatividade. Como posso consertar isso de uma vez por todas? Não consigo encontrar onde as configurações de massa são armazenadas no meu PC
As configurações de massa somente podem ser salvas se atribuídas a uma sessão salva.
O processo geralmente é configurar o putty como você quiser, voltar para a primeira Categoria ("sessão"), digitar um nome e clicar em "Salvar" para salvar suas configurações.
Se você não quiser ter que carregar a sessão a cada vez, salve a sessão como "Configurações padrão" na lista de sessões salvas.
Se você tiver problemas para salvá-lo no site do cliente por algum motivo, considere configurá-lo no lado do servidor (supondo que você tenha acesso root) em /etc/ssh/sshd_config :
TCPKeepAlive yes