Acho que acabei de me deparar com o mesmo problema, embora com o Apache. Se você visualizar a fonte na página, verá a maior parte dos quadros ainda vazios, mas vazios?
Se sim, então o problema é mais provável devido à seguinte linha na configuração do nginx:
add_header X-Frame-Options DENY;
Configurar isso para SAMEORIGIN trouxe o phpmyadmin de volta para mim, esta diretiva está impedindo que a página seja exibida em um quadro em qualquer contexto.
Não encontrei nenhum erro em nenhum dos registros tentados.
Espero que ajude.