Primeiro de tudo: este é o seu computador, então você pode fazer qualquer coisa com o que quiser, então os comandos para movê-lo lá estão no final deste discurso. ; -)
No entanto, a aplicação está exatamente onde deveria estar de acordo com o Padrão de hierarquia de arquivos a> e outras aplicações que dependem desta, irão esperar lá. E não importa se você está executando Ubuntu, Debian, FreeBSD, HP-UX, AIX, Tru-64 ou qualquer outra variante do Unix / Linux no planeta e além, todos eles têm sua versão de RNAhybrid
nesse diretório.
E esta é apenas uma aplicação. Você vai querer fazer isso com o outro e com outro e outro e no final você terá se apoiado em um canto do qual você não será capaz de sair sem reinstalar tudo e seguindo o padrão . Mas ei, se você quiser que o Ubuntu seja o Windows (= uma bagunça), apenas:
md /home/user/programs/RNAhybrid_2.2/
sudo mv /usr/local/bin/RNAhybrid /home/user/programs/RNAhybrid_2.2/
sudo nano /etc/environment
e adicione /home/user/programs/RNAhybrid_2.2/
ao final do caminho existente.
Boa sorte! (Você precisará disso ...)