Modifique seu regex para permitir o espaço em branco inicial.
sed -e '/^[ \t]*#/d'
Esse regex corresponderá às linhas que começam com 0 ou mais espaços ou tabulações (em qualquer ordem), seguidas por um sinal de hash.
O GNU sed também suporta nomes simbólicos:
sed -e '/^[[:space:]]*/d'
Que inclui todos os caracteres em branco, incluindo os idiomas estranhos unicode em idioma estrangeiro. Isso é menos portátil, no entanto.