Se quiser mesclar dois diretórios, mantendo o mais novo de todos os arquivos sobrepostos, você pode usar a opção --update para rsync . Uma invocação como rsync -av --update /old_home/ /home deve fazê-lo. (Observe a barra final em /old_home/ ; isso é significativo para o rsync (significa copiar o conteúdo do diretório, em vez do diretório de nível superior).)
Você pode manter o diretório pessoal antigo de várias maneiras. Se você estiver usando o LVM, é rápido e fácil girar um novo LV para a nova instalação e manter o antigo para montar. Se não, você pode usar tar para fazer um backup em outro lugar, depois extraí-lo para /old_home depois de fazer a reinstalação.