A necessidade de apenas um comando é algo difícil de alcançar com filosofia unix em mente.
Por outro lado: você pode governar grandes partes do seu mundo usando one-liners.
Primeiro, corrija os arquivos de configuração em sites-available
com o script da pergunta e use o seguinte código para criar novos links simbólicos em sites-enabled
.
cd /etc/apache2/sites-enabled
find . -type l -ls \
| awk '{print $13 ".conf -> " $11 ".conf"}' \
| mmv -s -n
Isso usa seus links existentes e cria novos com .conf
anexados a ambos, origem e destino.
mmv -n
é o dry run que mostra apenas o que teria acontecido. Se você estiver satisfeito com os resultados, execute novamente sem -n
Depois de executar o mmv sem -n, remover os antigos links simbólicos pendentes com
find -L /etc/apache2/sites-enabled -type l -delete