Você gostaria de fazer uma instalação se quiser garantir que sua VM permaneça atualizada ou se deseja instalar quaisquer ferramentas que não estejam na ISO. Para mim, escrevo muitos scripts e prefiro uma caixa linux completa, ou VM, para ter certeza de que a infinidade de scripts que acabo escrevendo permaneça permanente.
Há vantagens em não instalar também, como o fato de que, se você criar alguma coisa, uma instância nova será reiniciada.