Primeiro, você precisa ter certeza de que sua lista de fontes está correta, para saber onde encontrar o pacote, parece que esse é o seu problema.
Em um terminal, emita os seguintes comandos
nano /etc/apt/sources.list
Nesta janela copie e cole o abaixo na parte inferior da lista existente
deb http://security.kali.org/kali-security kali/updates main contrib non-free
deb http://http.kali.org/ /wheezy main contrib non-free
Agora salve-o, pressione Ctrl + x
press Y
press enter
De volta ao terminal
apt-get update
apt-get install gnome-tweak-tool
Agora deve baixar e instalar
Agora, emita gnome-tweak-tool
no terminal e ele deve abrir.