Tente usar o sar ( link ) para rastrear o uso da CPU e também o CDR do Asterisk para rastrear registros de chamadas. Se você encontrar uma correlação entre o alto uso da CPU e as chamadas perdidas, então sim, você provavelmente está certo.
Suponho que é possível que o recurso de carga média não esteja funcionando corretamente, os servidores virtuais podem ser um pouco estranhos em relação a relatórios de hardware imprecisos, embora esse recurso em particular sempre tenha funcionado para mim.