Dê uma olhada no Filesystem Hierachy Standard que também é a base para Layout do sistema de arquivos do Debian .
.csv
e scripts de shell provavelmente entrarão em /usr/share/<yourprogramname>
se eles saírem do pacote ou /var/lib/<yourprogramname>
se forem dados que mudam com o tempo.
Os arquivos Python são um caso bem especial, veja Política de Python do Debian para detalhes.