Uma configuração WUBI é ...
- Mais fácil de instalar (em sistemas mais antigos - os usuários da UEFI às vezes têm problemas)
- Não requer um novo bootloader (que o Windows pode eliminar)
- Não requer reparticionar suas unidades do Windows para criar espaço
- É mais lento que o nativo porque é um passo removido do hardware
- Ainda pode ser mastigado pelo Windows. O Windows fará basicamente o que o Windows quiser fazer.
- Ainda requer que você tenha partições (ainda que virtuais) para o Ubuntu, então você ainda precisa alocar espaço.
- Diferente da velocidade do disco, tão rápido quanto uma instalação nativa
- É necessário reinicializar para alternar entre sistemas operacionais.
No seu caso, não parece que você precisa de uma instalação completa do Ubuntu no desktop. Uma instalação virtualizada (VMWare, VirtualBox, VirtualPC, etc) do Ubuntu dentro do Windows provavelmente seria suficiente e seria muito mais conveniente, na medida em que permite executar ambas ao mesmo tempo.
É claro que, se você achar que precisa do elemento de desempenho no Ubuntu, pode virar a mesa e instalar o Windows em uma máquina virtual no Ubuntu.