Um comentário de estouro de pilha discute a possibilidade disto ser devido a ter uma versão do gcc ou make que não está lidando com o conflito de estilo de caminho unix / Windows. Um problema semelhante ocorreu em outra outra situação, que foi resolvida garantindo que a versão do gcc do Cygwin fosse instalada, pois outra coisa.
Se você não tem o Cygwin gcc / make canônico instalado, isso pode ser a causa do problema.