Você tem dois mapas de chave diferentes. Um usado pelo seu ambiente gráfico (X) e um usado pelo console.
O primeiro é configurado por xmodmap e setxkbmap . O segundo é configurado por loadkeys .
Você pode despejar o primeiro com xmodmap e o segundo com dumpkeys .
Dê uma olhada nas páginas de manual desses comandos para encontrar as opções corretas e outros comandos relacionados.