Se eu entendi corretamente, o que você quer fazer, é usar o seu pen drive como o 'disco rígido' no Virtualbox. Dessa forma, todas as suas alterações serão refletidas no pen drive.
Para fazer isso, você precisará criar um disco rígido virtual que aponte para o dispositivo físico e, em seguida, usar o disco rígido virtual com o Virtualbox.
Use o seguinte comando, substituindo / dev / sda pelo dispositivo que é sua unidade flash
sudo VBoxManage internalcommands createrawvmdk -filename /path/to/file.vmdk -rawdisk /dev/sda
Veja link para obter mais detalhes.
Se o que você está tentando fazer é executar dois sistemas individuais no Virtualbox e no Flash Drive e depois "sincronizar" as alterações, você pode usar o rsync para sincronizar os arquivos, se os dois sistemas estiverem em execução ao mesmo tempo. Mas você não pode sincronizar todos os arquivos, pois isso definitivamente causará problemas a menos que os dois sistemas sejam idênticos, então você terá que se contentar com algo como seu diretório home, por exemplo. Visto que você tem / home em uma partição separada, você também pode usar minhas instruções acima para criar um disco rígido virtual que aponte para essa partição única e montá-lo com o Virtualbox.