Para executar seu script sem ter essa caixa de diálogo, crie um arquivo .desktop para ele:
[Desktop Entry]
Name=My script
Comment="Whatever you want to see when you hover the mouse over the icon"
Exec=/home/prosper/myscript.pl
Icon=/home/prosper/myicon.gif
Terminal=false
Type=Application
Salve o arquivo na sua pasta Desktop como myscript.desktop e torne-o executável:
chmod a+x ~/Desktop/myscript.desktop
Agora ele deve aparecer usando o ícone /home/user/myicon.gif e você pode executá-lo clicando duas vezes.