O |
recebe a saída e a redireciona para stdin. wget
precisa de um argumento de linha de comando, não stdin, então você quer canalizar para xargs
, o que criará uma linha de comando a partir de stdin.
sed -n "$COUNTER",1p /domains.csv | xargs wget
Alternativamente, você pode dizer ao wget para entrar no stdin
sed -n "$COUNTER",1p /domains.csv | wget -i -