Não sei bem por que, mas você precisa de algumas fugas extras. Tente isto:
{send "perl -i -pe 's/\\\Q127.0.0.1\\\E/1.1.1.1/' /etc/hosts\r"}
Eu não tenho certeza sobre os detalhes, mas isso tem algo a ver com o script sendo executado i) através do shell, ii) através do expect e iii) através do Perl. Provavelmente, cada uma delas (ou uma combinação) precisa ter o \
escapado, e é por isso que você acaba precisando de tantos escapes aninhados.
De qualquer forma, como @slm mencionou em seu comentário, você realmente não precisa esperar por isso. Basta configurar sem senha ssh
e depois simplesmente executar
ssh 192.9.200.10 perl -i -pe 's/\Q127.0.0.1\E/1.1.1.1/' /etc/hosts