Depois de olhar um pouco para o padrão , encontrei esta citação
An application wishing to provide an icon to the system tray should first locate the system tray by requesting the owner window of the manager selection. If the manager selection has no owner, clients may use the method described in the ICCCM (watching for a MANAGER client message) to be notified when a system tray appears.
Portanto, o padrão diz que você não precisa ter uma bandeja do sistema, um programa deve esperar que a configuração do ícone da bandeja do sistema falhe.
Um programa deve sempre ter um comportamento de backup para este caso. Mas, como todos sabemos, nem todos os programas são perfeitos e alguns programas podem acabar sem GUI e você precisa matá-los manualmente.