Sempre fiz isso puxando o disco que quero manter durante a instalação. Dessa forma, não há chance de eu escolher o disco errado durante a configuração das partições.
Mova os discos para que a nova unidade de sistema operacional esteja na primeira porta e, por padrão, a unidade de inicialização. Deixe o outro disco para fora durante a instalação. Em seguida, coloque-o de volta como o segundo disco quando terminar.
Esta é a maneira mais infalível. É claro que, se você não tiver acesso físico ao servidor, poderá ser muito mais difícil do que simplesmente escolher os discos certos durante a instalação.