Não há "melhor maneira". Tudo depende da sua configuração e requisitos.
Uma maneira que também funciona se os diretórios de backup contiverem muitos arquivos seria usar instantâneos em um nível inferior e enviá-los para o servidor remoto. O ZFS pode fazer isso e provavelmente LVM também, mas nunca usei isso. Você não declarou seu sistema de arquivos ou se usa um gerenciador de volume, dependendo de que isso possa ser uma opção.
Em qualquer caso, é seguro rsync o diretório de backup para um servidor remoto. Se você tiver muitos arquivos, será menos eficiente do que enviar instantâneos no nível de bloco.