Se você puder acessar seus dados, o root poderá acessar seus dados. Você tem que confiar na raiz!
Mesmo se você acessar dados criptografados em uma máquina remota, o root poderá vê-los (você usa as ferramentas fornecidas pelo root, certo?).
Você só pode dificultar o acesso aos seus arquivos, mas nunca é impossível. Se você quiser que seus dados sejam salvos, não use máquinas não confiáveis.