Você pode executar este comando "mysql --help", e você pode encontrar algo como
Default options are read from the following files in the given order:
C:\WINDOWS\my.ini C:\WINDOWS\my.cnf C:\my.ini C:\my.cnf C:\Program Files\MySQL\M
ySQL Server 5.5\my.ini C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\my.cnf
Há também uma página de manual falando sobre o servidor MySQL desaparecido