du é o uso do disco e conta a quantidade de disco alocada para o arquivo. O "tamanho de bloco" mínimo (ou seja, o pedaço mínimo alocado para um arquivo) é geralmente 4k. Então o sistema de arquivos conta em blocos de 4k, não du.
Ele contaria em blocos de 1k se você formatasse uma unidade da seguinte maneira:
mke2fs -b 1024 /dev/XXX