Você provavelmente tem a opção noclobber ativada no seu shell. Isso protege os arquivos existentes contra serem substituídos pelo redirecionamento de saída. Para desativá-lo, execute set +o noclobber . Provavelmente, noclobber está definido em algum lugar no seu .bashrc , /etc/profile ou outro arquivo equivalente.
Veja também man set ou man bash para detalhes.