Você está vendo o kernel em execução com uname
. Yum está olhando para o banco de dados do pacote RPM. É muito possível que você tenha feito algo para que você tenha o kernel realmente instalado, mas está faltando no banco de dados. Reinstalar (como você fez) é a maneira mais fácil de se recuperar disso, se você não for muito bem informado sobre como tudo isso funciona.
Mas, voltando um passo: para ver os kernels que yum conhece, execute:
yum list kernel
Se o kernel que você está procurando não estiver na lista de pacotes instalados, existe o problema.