Parece-me que você instalou o IDE usando o yum e depois entrou no IDE para instalar as ferramentas de desenvolvimento java mais recentes. Se você instalar o Eclipse a partir do sistema de gerenciamento de pacotes da sua distribuição linux, então você deve instalar as ferramentas de desenvolvimento deste sistema também. Tenho certeza de que existe um pacote eclipse-jdt no yum. A dependência é provavelmente de eclipse-jdt para eclipse, que foi uma decisão consciente, pois o contrário é opcional.
Existem duas soluções: manter os pacotes do seu IDE ou baixar o arquivo do site do eclipse. A primeira opção fornecerá um ambiente estável em que todas as partes funcionem bem juntas. O segundo fornecerá a versão mais recente (estável) de tudo e você terá menos problemas com conflitos como este ao adicionar / instalar componentes de dentro do IDE.