Na VM, o pxaregsmodule.c está em /home/user/Dropbox/pxaregsmodule.c ou /home/dknapp/Dropbox/pxaregsmodule.c?
Parece-me que o link simbólico pxaregsmodule.c em /protectroot / modules está quebrado, uma vez que aponta para o diretório errado. O que acontece se você:
tail ~/projectroot/modules/pxaregsmodule.c
Algum código aparece?
Se este for o problema, você pode corrigi-lo desta maneira:
cd ~/projectroot/modules/
rm pxaregsmodule.c
ln -s /home/user/Dropbox/pxaregsmodule.c
(Não usando ln -sf, para maior clareza)
Em qualquer caso, eu recomendo usar um VCS moderno como Mercurial ou Git, se possível. Eles evitarão esses tipos de problemas e, se você pagar pela hospedagem, obterá uma solução acessível de qualquer lugar, com bom backup e segurança. Também é possível configurar seu próprio servidor, ou até mesmo colocar o repositório diretamente no Dropbox e acessá-lo pela rede virtual no computador em questão, embora eu não recomende o último.