Com a ajuda dos meus administradores de sistema favoritos, encontramos o seguinte hack que resolve totalmente o meu problema (ainda que uma solução mais elegante ainda seja bem vinda!):
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No Debian, o arquivo de configuração do Xournal (criado após a seleção "salvar preferências" pelo menos uma vez) está no arquivo: ~ / .xournal / config
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A opção está na linha 121 "
# default eraser mode (standard = 0, whiteout = 1, strokes = 2)
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Substituir 0 por 2 faz o truque
eraser_mode=2