Use xsetwacom .
Basicamente, você desejará listar sua configuração atual e reconfigurar os botões para o contrário, por exemplo, o que o botão 1 fez, o botão 4 deve ser (ou o que for).
Você também pode tentar usar xinput
.
Algo como:
$ xinput list
⎡ Virtual core pointer id=2 [master pointer (3)]
⎜ ↳ Virtual core XTEST pointer id=4 [slave pointer (2)]
⎜ ↳ Wacom Bamboo 2FG Finger pad id=11 [slave pointer (2)]
⎜ ↳ Wacom Bamboo 2FG Finger touch id=12 [slave pointer (2)]
$ xinput get-button-map "Wacom Bamboo 2FG Finger pad"
1 2 3 4 5 6 7
$ xinput set-button-map "Wacom Bamboo 2FG Finger pad" 3 2 1 4 5 6 7
Você também precisa remapear os eixos xey?
Pensamento final: o que acontece se você acessar System- > Preferences- > Mouse? Talvez mudá-lo para canhoto tenha algum efeito?