Como psusi aponta corretamente, você não precisa para reinstalar um derivado do Debian. Apenas atualize.
Independentemente disso, a resposta óbvia para a pergunta de backup é usar o controle de versão para fazer backup do diretório inicial e das configurações de configuração. Para os arquivos de configuração em /etc em um sistema parecido com Unix, o etckeeper de Joey Hess é popular . Eu recomendo usar um sistema de controle de versão distribuído como o Mercurial ou o Git, que pode ser usado para empurrar periodicamente o conteúdo do repositório para fora do disco rígido e, assim, atuar como um backup automático. Com o Mercurial, você pode configurar
post-commit gancho que será empurrado após o commit, para que seus backups sempre fique completamente atualizado.
Observe que essa não é uma solução de backup geral, mas funciona bem para arquivos de configuração importantes e assim por diante, pois são arquivos de texto pequenos e, portanto, ideais para controle de origem. E nessa situação, o controle de versão distribuído é supereficiente, comparável em desempenho ao rsync, mas melhor devido à atomicidade do controle de versão. Mercurial, pelo menos, irá reverter em vez de empurrar um changeset parcial, e eu imagino que Git faz o mesmo. Além disso, a versão que controla seus arquivos de configuração tem benefícios adicionais óbvios.