Um programa de teste rápido mostra errno = 17
é "Arquivo existe" (apenas uma observação, não que eu espere que você descubra isso antes de postar).
Eu encontrei este tópico no site mysql, o que sugere que você tem arquivos em /var/lib/mysql/my_db/
que o mysql não criou (ou que acha que não criou). Liste os arquivos (você precisará sudo
) e veja o que está lá. Tente mover qualquer coisa para um diretório temporário (ou excluir se tiver certeza de que não precisará deles) e tente novamente.