Depois de analisar seus comentários, você pode tentar:
rpm -qi --root=/opt atop
Quando você usa o sinal --installroot para yum , ele usa ou cria um novo banco de dados rpm nesse local. Quando você executar rpm sem o sinalizador --root , ele visualizará o banco de dados rpm padrão em /var/lib/rpm , que não tem nenhum conhecimento sobre a instalação do pacote personalizado.