Você precisa encontrar alguns critérios que correspondam à sua janela, então você pode configurar um espaço de trabalho para ela. Eu não conheço o HexChat, então aqui está um exemplo para xclock . Se você executar este aplicativo X11 bem conhecido, execute xprop e clique na janela do relógio para obter uma saída mostrando que a classe da janela é XClock :
WM_CLASS(STRING) = "xclock", "XClock"
Então, na sua configuração, você teria
assign [class="^XClock$"] 5
exec --no-startup-id xclock
Isso corresponde à classe com uma expressão regular, daí o ^ e $ , mas na maioria dos casos você pode ser menos explícito.