Para classificar seu arquivo primeiro por col1, em seguida, por col2, em seguida, por col4:
$ sort -t, -k1,1 -k2,2 -k4,4 file
abc,12345,qwerty,A
abc,12389,qwerty,A
xyz,12324,qwetty,R
xyz,12380,qwetty,R
Então, para ofuscar o 2º campo, você poderia fazer
$ sort -t, -k1,1 -k2,2 -k4,4 file | sed 's/..,/**,/2'
abc,123**,qwerty,A
abc,123**,qwerty,A
xyz,123**,qwetty,R
xyz,123**,qwetty,R