não - você pode impedir que seu pacote seja "atualizado" por inibir isso em yum.conf :
exclude List of packages to exclude from all repositories, so yum works as if that package was never in the repositories. This should be a space separated list. This is commonly used so a package isn't upgraded or installed accidentally, but can be used to remove packages in any way that "yum list" will show packages. Shell globs using wildcards (eg. * and ?) are allowed.
Mesmo com um pacote personalizado, você ainda deseja manter o controle de outras alterações no pacote.
Quanto ao pacote git , se você não o tivesse desinstalado, o yum ficaria confuso sobre o que poderia ser feito com o pacote, por exemplo, instalando pacotes compatíveis . Como ele desapareceu, o yum não fará suposições sobre o que você está instalando a partir da fonte.
Se você estiver compilando a partir do código fonte, vale a pena tentar ver se você pode construir um pacote usando qualquer arquivo ".spec". Se funcionar prontamente, isso é uma vantagem (mas não perca tempo se não: muitos desenvolvedores não se importam com problemas de compatibilidade).