O mais provável é que essas linhas extras sejam geradas por precmd , o gancho que é executado após cada comando e antes do prompt. Não é chamado automaticamente em clear-screen (ligado em ^L ).
Você pode redefinir o clear-screen , de modo que o chama:
clear-screen() { echoti clear; precmd; zle redisplay; }
zle -N clear-screen