Eu consertei meu problema desinstalando o rEFInd do Mac OSX (deixando a instalação do Ubuntu intocada) e reinstalando-o usando estes comandos:
cd ~/Downloads/refind-bin-0.8.3
./install.sh --alldrivers
Aparentemente, a opção --alldrivers instala os drivers do sistema de arquivos para o rEFInd, e isso permite que o gerenciador de inicialização acesse os arquivos do kernel do Ubuntu no sistema de arquivos do Linux. (Como uma nota lateral eu tenho duplicatas no menu de inicialização refind quando atualizei meu Ubuntu como eu tinha mais de um kernel no meu sistema).
O ícone do Linux (pinguim) que me levou para a tela roxa / preta congelada permanece e ainda se comporta como tal, mas agora pelo menos eu posso escolher outro ícone do carregador para acessar o meu Ubuntu recém-instalado.