Você poderia usar um crontab. A preferência pessoal é escrever um script personalizado para ser chamado pelo cron e executá-lo de modo a gravar um arquivo de log também no processo.
#! /bin/bash
scantime=$(date -u +%H)
#writes hour of scan, assuming to be run every 6 hours
fileout="$HOME/clamav-$(date -u +'%Hh-%d-%Y').log"
path="/var $HOME/Downloads"
for i in $path; do
echo "Starting hourly scan of $i
clamscan -r --bell -i $i >> $fileout
wait
done
e, em seguida, adicione 0 0 0/6 1/1 * ? * /path/to/script
a crontab -e
. Isso executará o script a cada 6 horas.