O sistema obviamente está com falta de memória RAM em vários pontos no tempo, os eventos killer da OOM e o uso da swap deve lhe dizer isso.
No entanto, com 16GB de RAM e rodando MythTV + MySQL + Nagios + Apache, pserver, CVS e God sabe o que mais (estou apenas adivinhando coisas da sua saída top
) no mesmo servidor pode ser demais para ele. Tanto na RAM quanto na E / S.
Também não sabemos quantos eventos você tem nesse Nagios e como está o agendamento deles. Muitos eventos em um tempo muito curto, e eles começarão a ser lançados antes de darem a volta e comerem qualquer máquina, não importa o quão poderosa ela seja. E provavelmente eles não terão tempo de dar a volta completa quando a máquina começar a passar fome, e de repente você tem um monte de cheques do Nagios acontecendo. E, além disso, você diz que tem cronjobs ...
Eu pensaria em ter mais recursos e executar algumas máquinas e / ou VMs com todos esses serviços. Uma máquina de consumidor também não suportará tanto I / O, em algum momento se você estiver fazendo algum trabalho sério, você tem que ir para o servidor.
Obviamente, em algum momento, você também tem que fazer uma gestão de configuração adequada do Nagios e do MySQL / intervenção do DBA para gerenciar seus recursos disponíveis.
Como organizar tudo isso está fora do escopo desta resposta. Assim como o velho ditado diz, não coloque todos os ovos na mesma cesta.
PS. leia sua imagem no topo aqui e veja quanto RAM cada processo está usando (eles podem estar usando mais swap, mas você sabe que eles estão pelo menos usando isso. Faça sua matemática). Esse top é um indicador muito grosseiro que seus cálculos de RAM estão muito abaixo do que o sistema precisa.
PS2. Eu estou principalmente adivinhando as coisas e, obviamente, não sei sua configuração específica. Tome o texto como um guia de recomendação geral.