Eu assumo que você quer dizer nomes de arquivos que começam com um ponto ( . ), você pode ignorá-los. A coisa com inotifywait --exclude é que o padrão parece ser comparado com o caminho completo do arquivo, então você precisa levar isso em conta.
Portanto, se você der inotifywait dos diretórios foo e bar para assistir, os padrões serão comparados com nomes de arquivos como foo/something , bar/somethingelse . Como de costume nos regexes, você precisa escapar do ponto.
Isto deve observar todas as criações no diretório atual, exceto os dotfiles (é uma regex, então precisamos escapar dos pontos):
inotifywait -ecreate -m --exclude '^\./\.' .
Ou, menos especificamente, exclua dotfiles em quaisquer diretórios, procurando a combinação de uma barra e um ponto:
inotifywait -ecreate -m --exclude '/\.' foo bar
Isso, é claro, não funcionará se você estiver assistindo a um diretório com um ponto principal em alguma parte do caminho; vai combinar tudo nesse caminho.