Você não precisa usar echo a qualquer momento aqui.
Usando o subshell, você está executando a saída da função seconds , que é geralmente mal aconselhada como pode causar um comportamento inesperado, como você está vendo.
Em vez disso, simplifique sua função para executar o comando date :
#!/bin/bash
seconds () {
date -d "1970-01-01 $1+0" "+%s"
}
seconds 00:00:02.00
Saída: 2