Renomeie a pasta /home/user/.fonts para .fonts-disabled. Ran fc-cache -rv Agora essas fontes não serão usadas pelo sistema.
Problema resolvido - o firefox agora tem fontes corretas.
Essa pasta tinha fontes que colecionava há 15 anos (6GB) e havia algo no firmware do firefox. E depois de me livrar disso, percebi que não preciso de muitas fontes (apenas as básicas do debian mais mscorefonts eram mais do que suficientes). Até mesmo outras fontes de idioma (como o japonês) ainda estão funcionando.