A tentativa de usar root com uma sublocação significa que vai tentar $root$uri , que no seu caso se torna /opt/site3/site3 .
Você pode fazer o que você fez e usar root para que o diretório raiz seja uma pasta antes da pasta que você está tentando acessar. No entanto, você não precisa para fazer isso.
Tente usar alias /opt/site3; ; isso deve funcionar e acessar o local correto, desde que você defina o campo de índice e, se necessário, tenha um try_files nesse bloco de localização também.