Usando awk
:
awk -F, -v OFS=, ' { $2 = sprintf("%02d", $2) }
length($3) == 4 { sub("^[0-9][0-9]", "", $3) } 1' file
Isso reformata incondicionalmente o segundo campo delimitado por vírgula em um inteiro de dois dígitos preenchido com zero. Se o terceiro campo tiver quatro caracteres, seus dois primeiros dígitos serão removidos. O registro resultante é então impresso.