Você pode querer usar um shell para interpretar o pipe e o redirecionamento: eu usarei um heredoc para facilitar a citação
XYZ=$(expect <<END_EXPECT
set timeout -1
spawn sh -c {python log-connector.py -s $strt -e $end -i 600 -a https://server:9000 -u someaccount -f ./conf/firewall-fields2.txt -q ./conf/query.txt -z | gzip >> /data/sources/results-$strt2-$end2.json.gz}
expect "Password:"
send "$pass\r"
expect eof
END_EXPECT
)
echo "$XYZ"