Percebi que realmente tenho acesso a este software e o arquivo config é um script csh (portanto, #!/bin/csh está correto). Minha cópia deste arquivo tem uma data em que diz "5 de dezembro de 2014". No entanto, se o seu arquivo config tiver export de comandos, ele será modificado ou será uma versão atualizada (com a porcentagem errada#! -line).
Você também deve investigar se você tem um arquivo ~/.cshrc que contém export comandos (isso seria um erro). O arquivo ~/.cshrc para csh corresponde aproximadamente a ~/.bashrc para bash .