Você não deve perder arquivos se o kernel estiver funcionando corretamente. De man 5 proc
:
/proc/sys/vm/drop_caches (since Linux 2.6.16)
Writing to this file causes the kernel to drop clean caches,
dentries, and inodes from memory, causing that memory to become
free ...
...
Because writing to this file is a nondestructive operation and
dirty objects are not freeable, the user should run sync(1)
first.
Conforme o manual indica, apenas os caches limpos são liberados e gravar qualquer coisa em drop_caches
é uma operação não destrutiva. Objetos sujos não são perturbados.