Basta formatá-lo usando printf:
du -sb file1.data | awk '{s += $1} END {printf "%d\n", s}'
Ou talvez você precise de %ld
para números realmente grandes:
du -sb file1.data | awk '{s += $1} END {printf "%ld\n", s}'
E se isso falhar (como testei no FreeBSD com números como 1e32), tente isto:
du -sb file1.data | python -c $'import sys\nt=0\nfor line in sys.stdin:\n t += int(line.split()[0])\nprint(t)'